电视动画《魔法禁书目录Ⅱ》改编自日本轻小说家镰池和马原作的轻小说《魔法禁书目录》，亦是电视动画《魔法禁书目录》的第2期故事内容主要对应原著小说的第7卷~第13卷及番外篇SS卷的内容。故事舞台是从东京都西部被分割出来、拥有230万人口的巨大都市。由于其中约有八成都是学生，所以被称为“学园都市”。“超能力开发”被列为学校课程的一部分。学生们每天都在超能力开发上进行相互竞争。根据能力高低不同，可以分为6级，从无能力（level0）到超能力（level5）。故事的主人公上条当麻是名平凡的高中生，作为无能力者的他并非完全没有能力，而是他名为“幻想杀手”的特殊能力能够将一切异能（包括超能力和魔法）无效化。在宿舍阳台上他遇见了一位纯白修女。这位少女自称“茵蒂克丝（Index）”，是从魔法世界逃了出来，现在正在被魔法师追赶中。就这样，掌握了十万三千本魔道书的少女与拥有抹杀一切幻想的“幻想杀手”右手的少年一起，经历了一系列惊险故事。转眼，暑假临近结束，新的故事也由此开始。在第2期的故事中，罗马正教的登场将魔法侧的故事拓展到了学园都市，而上条他们的战斗舞台也将走向世界。另一方面，通过描述学园都市的学生生活和潜伏在其背后的黑暗，科学侧的故事也将会逐步展开。